Научната област Археологија е форимирана со самото основање на Институтот за старословенска култура во 1980 година како стожерен сегмент на институцијата. Во организационен поглед археолошкото одделение при ЈНУ Институтот за старословенска култура-Прилеп, директно се надоврзува на Центарот за истражување на старословенската култура од Прилеп, кој од своја страна произлегува од средновековното одделение на Завод за заштита на спомениците и музеј Прилеп. Ваквата генеза условила резултатите од археолошките истражувања во рамките на овие институции во периодот од 1955 до 1979 година да бидат целосно вградени во новоформираниот Институт за старословенска култура-Прилеп. 

Главен предмет на истражување, како впрочем и на археологијата како наука воопшто е севкупноста на материјалните остатоци од минатото, а во согласност со усвоеното научно поле области, примарен предмет на проучување се материјалните остатоци од доцната антика и средновековието. Оттаму во рамките на археолошкото оддление при ЈНУ Институт за старословенска кулутра-Прилеп се работи на откривање, документирање, научно истражување, културно-хронолошко детерминирање и научна интерпретација примарно на материјалните остатоци кои се поврзуваат со времето од средината на IV до крајот на XIV век.  Непосреден предмет на досегашната научно истражувачка дејност во рамктите на научната област на археологија, детерминиран од реализираните проекти во периодот од 1980 до 2009 година, се средновековните населби во Прилеп  и неговата околина; генезата на раносредновековните населби илустрирана врз сознанијата од истражувањата на материјалните остатоци од локалитетот Градиште, с. Дебреште, општи карактеристики на материјалната култура на македонските Словени; развитокот на населбите и некрополите од  територијата на Р. Македонија; доцноантичката и средновековната материјална култура  во регионот Мариово; првите старохристијански и словенски центри во Македонија; убикација на средновековниот град Битола; развитокот на доцноантичките и средновековните населби во северна Пелагонија; старохристијанскиот црковен центар и на него најнепосредно надоврзана средновековна монашка населба во рамките на културниот комплекс Св. Преображение, с. Зрзе и др. 

Како резултат на обемната научно-истражувачка активност во рамките на научната област на археологија, покрај големиот број на монографски студии и научни прилози, оформен е исклучителен фонд на изворни археолошки материјали (движни наоди, теренска документација и др.) како основ за идните продлабоки проучувања  во рамките на институцијата. 

Денес во научната област на археологија се вработени 6 лица: д-р Бранислав Ристески, научен советник, д-р Бранислав Атанасоски, научен соработник, д-р Бошко Ангеловски, научен советник, д-р Христијан Талевски, научен соработник, д-р Орданче Петров, научен соработник и м-р Дејан Кебакоски, асистент истражувач.